Di Kota Fuyuki, Perang Cawan Suci Kelima akan segera dimulai, pertempuran panjang yang penuh darah, kematian, dan kesengsaraan. Siswa SMA Rin Toosaka telah melatih seluruh hidupnya untuk momen ini untuk menjadi seorang magus yang mampu menjadi Master dalam perang. Dengan memanggil Pelayannya yang dikenal sebagai Archer, Rin akhirnya melangkah ke dalam pertempuran.
Mengetahui bahwa salah satu kenalannya, Shirou Emiya, juga terlibat dalam perang, Rin menawarkan untuk membentuk aliansi untuk sementara waktu. Dan saat mereka berdua semakin dekat, Rin mulai mempelajari lebih lanjut tentang takdir dan cita-cita Shirou. Meskipun demikian, tujuannya tetap sama: untuk memenangkan relik yang sangat kuat yang dapat memenuhi keinginan mereka yang menang setelah perang Cawan Suci.
