Perwira Pasukan Bela Diri Jepang (JSDF) yang sedang tidak bertugas dan otaku Youji Itami sedang dalam perjalanan untuk menghadiri konvensi doujin di Ginza, Tokyo ketika sebuah portal misterius berbentuk gerbang besar tiba-tiba muncul. Dari gerbang ini, makhluk-makhluk gaib dan prajurit yang mengenakan baju besi abad pertengahan muncul, menyerbu kota, membunuh dan menghancurkan semua yang ada di jalan mereka. Dengan tindakan cepat, Youji menyelamatkan sebanyak mungkin nyawa sementara anggota JSDF lainnya mengarahkan upaya mereka untuk menghentikan invasi.
Tiga bulan setelah serangan itu, Youji ditugaskan untuk memimpin tim pengintaian khusus, sebagai bagian dari satuan tugas JSDF, yang akan dikirim ke dunia di luar gerbang yang sekarang disebut sebagai “Wilayah Khusus.” Mereka harus melakukan perjalanan ke dunia yang tidak dikenal ini untuk mempelajari lebih lanjut tentang apa yang mereka hadapi dan berusaha berteman dengan penduduk setempat dengan harapan dapat menciptakan hubungan damai dengan kekaisaran yang berkuasa. Namun jika mereka gagal, mereka menghadapi konsekuensi berpartisipasi dalam perang yang menghancurkan yang akan menelan kedua sisi gerbang.
