Amerika Serikat telah berada dalam kekacauan sejak munculnya D2, spesies invasif yang berasal dari meteorit hitam yang jatuh ke Bumi. Sebuah dekrit publik melarang warga memainkan melodi apa pun, untuk mencegah lebih banyak korban yang disebabkan oleh kebencian D2 terhadap musik—bahkan sekarang, pada tahun 2047, larangan ini masih berlaku. Satu-satunya bentuk pertahanan umat manusia melawan D2 adalah Seni Musik, wanita muda yang mewakili karya musik klasik; dan Konduktor, yang mengendalikan mereka.
Takt Asahina, seorang ahli piano penyendiri, mendapati dirinya berubah menjadi Konduktor setelah serangan D2 spontan. Insiden yang sama membunuh adik perempuan Anna Schneider, Cosette, dan membuat Takt berhubungan dengan Musicart-nya, Destiny. Mencari cara untuk menstabilkan pakta di antara mereka sendiri, Takt dan Destiny—bersama Anna—memulai perjalanan berbahaya ke Markas Symphonica di New York City.
Takt sedang terburu-buru untuk mencapai kota agar dia bisa bermain piano lagi, meskipun hasratnya menarik makhluk yang selama ini dia hina. Sementara itu, rasa tanggung jawab Destiny menyeret kelompok itu ke dalam masalah di sepanjang jalan. Dengan jalur yang dipenuhi D2 dan banyak rintangan yang lebih sulit di depan mereka, akankah ketiganya berhasil mencapai New York City dalam keadaan utuh?
