Yuuji Kazami adalah murid pindahan yang baru saja diterima di Akademi Mihama. Dia ingin menjalani kehidupan sekolah menengah biasa, tetapi mimpinya ini mungkin tidak akan terwujud dalam waktu dekat karena Akademi Mihama adalah kebalikannya. Hanya terdiri dari kepala sekolah dan lima siswa lainnya, yang semuanya perempuan, Yuuji berkenalan dengan mereka masing-masing, menemukan lebih banyak tentang kepribadian mereka karena sosialisasi tidak dapat dihindari. Perlahan, dia mulai belajar tentang kebenaran di balik sekelompok kecil siswa yang menempati akademi—mereka masing-masing memiliki pengalaman traumatisnya sendiri yang tersembunyi dari dunia.
Akademi Mihama bertindak sebagai rumah bagi gadis-gadis ini, mereka adalah “buah” yang jatuh dari pohon mereka dan mulai membusuk. Terserah Yuuji untuk menjadi katalis untuk menyelamatkan mereka dari diri mereka sendiri, tapi bagaimana dia bisa menyelamatkan yang lain ketika dia bahkan tidak bisa menyelamatkan dirinya sendiri?
Grisaia no Kajitsu didasarkan pada novel visual oleh FrontWing. Beberapa aktris pengisi suara novel visual mengulangi peran mereka di anime.
